Riferimento: Software gratuiti per l'e-commerce
Ho usato per anni prestashop, ero uno dei beta italiani all epoca della sua nascita...adesso non mi piace più come si è evoluto, e da diversi anni sto usando opencart molto bello e veloce, con possibilità infinite di personalizzazione oltre che una spinta molto forte verso il social commerce.
Conosco anche nopCommerce, segnalato dall utente sopra, se non ricordo male è in asp e non in php, però ha delle funzioni SEO al suo interno molto buone infatti chi usa nopCommerce è in genere indicizzato bene, anche se dipende sempre dai prodotti che vende.